Thomas Baaken hat seine akademische als auch berufliche Karriere dem Marketing und der Markforschung gewidmet. Zu Beginn seiner Karriere fokussierte sich Thomas Baaken primär auf Business-to-Business Marketing. Seit 1998, nach seiner Ernennung zum Prorektor für Forschung, Entwicklung und Wissenstransfer der Fachhochschule Münster, entwickelte er das Konzept des Science-to-Business Marketing, welches maßgeblich war zur Gründung des Science-to-Business Marketing Research Centre im Jahre 2002.
Seit dieser Zeit hat sich Thomas Baaken beiden Bereichen verschrieben, dem B-to-B als auch dem S-to-B Marketing und entwickelte darüber hinaus das Centre von einer "One-Man-Show" zu einem etablierten 20-köpfigen Team, welches weltweit für ihre Betrachtungsweise im organisationalen Marketing / Partnering und marktorientierten Geschäftsbeziehungen zwischen Wirtschaft und Forschung bekannt ist.
Neben seinen unzähligen theoretischen Beiträgen (zum Beispiel Publikationen, nationalen und internationalen Forschungsprojekten) und der Praxis (zum Beispiel Projekte mit Partnern aus der Wirtschaft, Handbücher, Diskussionsrunden) hat sich Thomas Baaken stets mit großem Engagement der Förderung und Unterstützung von Studenten und besonders der Förderung der Mitglieder seines Teams gewidmet. Hierbei steht für Ihn seit jeher die Förderung persönlicher als auch beruflicher Ziele im Fokus.